Реестр мальтийских судов является восьмым по величине в мире и вторым в Европе. Приблизительная сумма валового регистрового тоннажа составляет более 30 миллионов тонн. В результате вступления в Европейский союз органы власти мальтийского флага воспользовались возможностью восстановить тоннаж, и это действие было направлено на изменения в местном законодательстве для его приведения в соответствие с законодательством Европейского союза, что значительно усилило репутацию мальтийского флага.
Преимущества регистрации под мальтийским флагом многочисленны. Рентабельные тарифы остались неизменны, в то время как стандарты обеспечения безопасности и охраны, несомненно, возросли, гарантируя соблюдение интересов ведущих лиц и эксплуатации судов.

Соответствие мальтийского законодательства международным конвенциям и ратификация конвенций мирового масштаба для индустрии судоходства обеспечивает сохранение прогресса мальтийской судоходной юрисдикции. Любой тип судов, включая баржи, понтоны и буровые вышки, может быть зарегистрирован на Мальте, так же как и суда, находящиеся в ремонте. Процесс регистрации - быстрый и прозрачный, даёт возможность зарегистрировать судно в течение 48 часов после получения необходимых документов.

Судно, зарегистрированное на Мальте, может принадлежать гражданину Мальты или гражданину страны-члена Европейского союза, а также компании, зарегистрированной на Мальте или в стране, являющейся членом ЕС. Мальтийский флаг не ограничивает занятость людей, не являющихся гражданами стран ЕС, на судне, если имеются надлежащие сертификаты.

Мальтийская юрисдикция предоставляет благоприятный режим налогообложения для судов, занимающихся коммерческими перевозками. Режим допускает льготные условия по подоходному налогу и налогу на добавленную стоимость, а также освобождение от государственных пошлин на приобретение/продажу судов и освобождение от взносов в фонд социального обеспечения Мальты для команды судна, состоящей из иностранцев.

Компании судоходного менеджмента, владеющие судами или занимающиеся их обслуживанием, также могут воспользоваться благоприятным режимом налогообложения, делая Мальту идеальным местом для ведения судоходной деятельности или основания судоходной компании.